Ако става въпрос да го пускаш и спираш, използувай за това SD входа, като му подаваш управляващ сигнал от някой цифров изход, а захранването да си е твърдо от 5 волта. Ако по някакви причини искаш да включваш и изключваш захранването не е добра идея да го подаваш директно от цифров изход - цифровия изход трябва да управлява реле или транзистор, които да които да комутират 5 волта към захранващия пин на усилвателя.

    За моженето - може и да стане. Не е ясно каква е по-точно идеята - някой да разработи всичко това а ти да го повториш, или да си го разработваш сам и като има проблеми да търсиш конкретна помощ? Ако е първото - трудна работа. Ако е второто - почни нещата едно по едно - примерно с меренето на температурата. Не очаквай нещата да станат бързо - може и да станат де - зависи колко си навътре в материята.

  Не става дума за някакъв особен код. Изгенерирай с Ардуино-то импулсна поредица - примерно 200мс. високо ниво, 200мс. ниско. Включи към съответния изход светодиод през съпротивление 1кОм и той трябва да замига. Подай това като данни на предаателя. Включи към изхода на приемника друг светодиод през 1кОм. Трябва да имаш същото мигане.
  Не е проверка на 100% но вероятно ще те ориентира.

    Има качен bootloader - за Arduino NG or olderw/ATmega168 - качен е  през ArduinoIDE 0023. Програмирането през ArduinoIDE може да стане с преходник RS232 - UART ( примерно с MAX232) или с преходник USB-UART ( примерно с FT232 ). Може разбира се платката да бъде и с чист празен процесор. А може и с bootloader и някакъв елементарен скеч ( или със скеч по желание).
   Описание на пиновете може да се види на картинката от линка:
  http://relhostpic.eu/images/2014/01/05/NT0YP.gif
  За програмиране през ArduinoIDE ползувам преходник USB - UART.  Като се премести джъмпера, който е до захранващия куплунг, на свободните пинчета до куплунга за програмиране, захранването по време на програмиране може да дойде от USB на компютъра.
   

Кода в интерес на истината не съм го поглеждал но алгоритъма е малко мъгляво обяснен - поне според мене. Значи имаш четири входа и четири изхода. Проверяваш трите входа. ( Казваш че искаш микроконтролера да ги вижда като високо ниво - той вижда това което е на входа а не каквото искаме ние). Да кажем че искаш да се продължи нататък по алгоритма ако нивото е високо. А какво се прави ако на някой от входовете нивото е ниско? Предполагам нова проверка на датчиците - така ли е? Нека нивата на трете входа са високи - продължаваме нататък. Пускаме високо ниво на изходите вентилатор, клапан  и запалителна свещ за 4 секунди. След това проверяваме входа йонизатор - ако нивото е ниско спираме изходите, пак проверяваме датчиците и ако всичко там е наред пак активираме изходите за 4 секунди и пак проверяваме входа йонизатор. Ако след три повторения на този цикъл на входа йонизатор не се появи високо ниво, активираме алармата. Какво правим след като сме я активираме - държим я активна докато се намеси оператор ли? Ако пък на входа йонизатор се появи високо ниво примерно при втория опит, казваш че оставяме включени вентилатора и клапана - докога системата трябва да стои в това състояние? Предполагам, че при това положение трябва постоянно да се следят четирите входа и в зависимост от това какво има на тях да се взема решение какво да се прави нататък - така ли е?
    Мисля че трябва да си опишеш много подробно алгоритъма със всичките му възможни разклонения за да ти се получи работеща програма, или пък ако нещо не ти се получава и тогава да може да ти се помогне адекватно.

Книга за всякакви мигалки.
http://www.radiofiles.ru/news/zhki_svetoizluchajushhie_i_lazernye_diody_skhemy_i_gotovye_reshenija/2012-08-19-2340

Общо взето както се казва - трудно класно.  Имаш ли възможност да включиш осцилоскоп и да измериш RS нивата? Повечето преходници, които се продават, обикновено не се държат коректно с програматори и други устройства, предвидени за COM порт. Най-прилично като че ли се държат самоделките на базата на FT232. Обсъждане по въпроса има в линка - http://mcu-bg.com/mcu_site/viewtopic.php?f=5&t=9620 .